Aus dem Studium bei Mozart wurde jedoch nichts. Mozart war durch die Arbeit am Don Giovanni und auf Grund familiärer und finanzieller Sorgen so sehr in Anspruch genommen, dass er sich nicht um Beethovens Ausbildung sorgen konnte. Dennoch war Mozart vom jungen Beethoven angetan. Dieser war in der Lage, aus dem Stegreif über ein Thema Mozarts Variationen zu spielen. Zwei Wochen nach seiner Ankunft in Wien musste Beethoven jedoch wieder die Heimreise antreten, weil seine Mutter schwer krank geworden war.

Kurz nach Beethovens Ankunft in Bonn starb seine Mutter im Juli 1787. Dies traf den jungen Künstler schwer.

Im Jahr 1789 begann Beethoven ein Studium an der Universität Bonn; schnell geriet er dort, insbesondere durch Eulogius Schneider, in Kontakt mit den Ideen der Französischen Revolution. Seine Begeisterung für die revolutionären Ideen spiegelt sich in seinen Werken wider. „Wohl tun wo man kann“, schrieb er 1793, „Freiheit über alles lieben; Wahrheit nie, auch sogar am Throne nicht verschweigen.“

Mit 22 Jahren unternahm Ludwig van Beethoven eine zweite Studienreise nach Wien, von der er nicht wieder nach Bonn zurückkehrte. Sein Vater starb, und das Kurfürstentum fand 1794 durch die französische Invasion sein Ende, und somit auch Beethovens amtliche Stellung. Mozart war bereits gestorben, aber Joseph Haydn und Antonio Salieri nahmen Beethoven als Kompositionsschüler an, außerdem noch Johann Schenk und Johann Georg Albrechtsberger. Empfehlungen und Talent verschafften ihm Zutritt zu den ersten Häusern Wiens; Baron van Swieten und die Fürstin Lichnowski wurden seine besonderen Gönner.