Etwa zwanzigtausend Menschen nahmen an seinem Begräbnis teil. Sogar das Militär musste zur Aufrechterhaltung der Ordnung eingesetzt werden. Ein von Ferdinand Schubert entworfener Obelisk mit seinem Namen schmückte sein ursprüngliches Grab auf dem Währinger Friedhof, der inzwischen längst umgewidmet wurde und heute Schubert-Park heißt. Im Jahr 1888 wurde Beethoven im Beisein von Anton Bruckner zum zweiten Mal exhumiert, um auf dem Wiener Zentralfriedhof seine endgültige Ruhestätte zu finden.

Eine Bronzestatue (von Hähnel modelliert, von Burgschmied gegossen) wurde ihm zu Ehren im Jahre 1845 in seiner Vaterstadt Bonn, eine andere (von Zumbusch) 1880 in Wien errichtet.

Beethoven hatte verfügt, dass nach seinem Tod sein Leichnam obduziert werden solle, um Ärzte die Ursache für seine frühe Taubheit finden zu lassen. Sein Schädel wurde bei der ersten Autopsie in mehrere Teile gespalten.